EXAMEN MICROBIOLOGIQUE DES SELLES
Définition – physiologie
La flore fécale normale est une flore mixte renfermant 10 exp 9 à 10 exp 11 germes /gr. de selles.
De cette abondante flore mixte, les espèces aérobies (Entérobactéries, entérocoques, Lactobacilles, Levures, …) ne représentent que 1%. 99% sont des bacilles Gram négatifs anaérobies.
En dehors de tout syndrome diarrhéique, on peut mettre en évidence un portage transitoire ou permanent de micro-organismes pathogènes ou potentiellement pathogènes (Salmonella, Staphylococcus aureus, Clostridium difficile, Candida albicans).
Prélèvement – Propriétés de l’échantillon
• Pour coproculture classique et/ou recherche parasites (à l’exception des oxyures)
Mettre une petite quantité de selles dans un récipient propre et sec. Le prélèvement doit être acheminé le plus rapidement possible au laboratoire. A défaut, il doit être conservé maximum 24 heures au frigo (sauf si recherche spécifique de Shigella ou de parasites – il doit dans ce cas être conservé à température ambiante). Recherche de parasites : Il est conseillé d’effectuer 3 prélèvements avec demandes respectives à 2-3 jours d’intervalle en 10 jours maximum.
• Pour la recherche d’œufs d’oxyures :
La méthode du scotch-test anal (ou test de Graham), indépendamment de l’échantillon de selles, est recommandée. Le papier collant transparent doit être appliqué sur la marge anale. Le test doit se faire le matin, avant l’émission des selles et avant toute toilette locale. Le morceau de papier collant est à envoyer au laboratoire collé sur une lame porte-objet.
• Pour la recherche de sang occulte :
Interférence possible avec une alimentation riche et/ou supplémentation en fer ou en vitamine C dans les 3 à 4 jours avant le prélèvement des selles.
Proscrire du régime alimentaire du patient viande, charcuterie, chou blanc, épinards et toute source de vitamine C (jus de fruits, artichauts, radis, concombres,…) pendant 3 à 4 jours avant le prélèvement de selles.
Valeurs de référence
•Parasites : négatif
•Culture aérobie négative pour :
• Salmonella, Shigella, Yersinia enterolytica, Campylobacter,
• Escherichia coli entéropathogène (enfants de moins de 2 ans)
•Dans le cas de demande ciblée et justifiée, c’est à dire uniquement sur selles liquides et après antibiothérapie : Absence de Clostridium difficile toxinogène
•Recherche négative pour Rotavirus et Adénovirus (enfants de moins de 2 ans uniquement).
•La recherche de Vibrio spp, Escherichia coli O157H7 et Aeromonas spp est réalisée lorsqu’une demande explicite est formulée.
Intérêt clinique – Interprétation des résultats
L’intérêt d’une coproculture et d’une recherche des parasites dans les selles réside essentiellement dans la recherche de l’étiologie infectieuse d’un syndrome diarrhéique. Plus exceptionnellement, la recherche des bactéries entéro-invasives (Escherichia coli O157) ou entéro-pathogène (EPEC).
Les subdivisions physiopathologiques des diarrhées n’étant pas mutuellement exclusives, la mise en évidence d’un agent infectieux n’écarte pas nécessairement d’autres causes du syndrome diarrhéique. Inversement, l’absence d’un agent infectieux à l’analyse des selles n’élimine pas totalement l’origine infectieuse de la diarrhée.