EXAMEN MICROBIOLOGIQUE DES SELLES

Définition – physiologie
La flore fécale normale est une flore mixte renfermant 10 exp 9 à 10 exp 11 germes /gr. de selles.
De cette abondante flore mixte, les espèces aérobies (Entérobactéries, entérocoques, Lactobacilles, Levures, …) ne représentent que 1%.
99% sont des bacilles Gram négatifs anaérobies.
En dehors de tout syndrome diarrhéique, on peut mettre en évidence un portage transitoire ou permanent de micro-organismes pathogènes ou potentiellement pathogènes (Salmonella, Staphylococcus aureus, Clostridium difficile, Candida albicans).

Prélèvement – Propriétés de l’échantillon

• Pour coproculture classique et/ou recherche parasites (à l’exception des oxyures) par microscopie / Pour recherche antigénique de Giardia/Cryptosporidium/E. histolytica:

Un prélèvement de selles pour coproculture se justifie devant une diarrhée sanglante et/ou une diarrhée fébrile ou non résolutive rapidement.

Recherche de parasites : Il est conseillé d’effectuer 3 prélèvements avec demandes respectives à 2-3 jours d’intervalle en 10 jours maximum. En effet, un seul prélèvement négatif ne peut exclure la présence d’un parasite (émission discontinue). Répéter les prélèvements uniquement si le premier échantillon est négatif et que les symptômes persistent.

Privilégiez un régime pauvre en fibres végétales les jours qui précèdent le prélèvement.

Mettre une petite quantité de selles dans un pot hermétique propre et sec. Le prélèvement doit arriver dans les 3 heures au laboratoire. A défaut, il doit être conservé maximum 24 heures au frigo (sauf si une recherche spécifique de Shigella ou de parasites est demandée. Il doit dans ce cas rester à température ambiante et acheminé rapidement).

• Pour la recherche d’œufs d’oxyures :
La méthode du scotch-test anal (ou test de Graham), indépendamment de l’échantillon de selles, est recommandée. Le papier collant transparent doit être appliqué sur la marge anale (à l’aide tube à essai coiffé en pont par une bande de papier collant, dont le côté adhésif est à l’extérieur). Le test doit se faire le matin, avant l’émission des selles et avant toute toilette locale. Le morceau de papier collant est à envoyer au laboratoire collé sur une lame porte-objet.

• Pour la recherche de sang occulte :
Interférence possible avec une alimentation riche et/ou supplémentation en fer ou en vitamine C dans les 3 à 4 jours avant le prélèvement des selles.

Valeurs de référence
Parasites :
Négatif par recherche microscopique avant et après enrichissement
Négatif par recherche antigénique pour Giardia, Cryptosporidium, et E. histolytica

Culture aérobie négative pour :
• Salmonella, Shigella, Yersinia enterolytica, Campylobacter,
• Escherichia coli entéropathogène (enfants de moins de 2 ans)

Dans le cas de demande ciblée et justifiée, c’est à dire uniquement sur selles liquides et après antibiothérapie : Absence de Clostridium difficile toxinogène

Recherche négative pour Rotavirus et Adenovirus (enfants de moins de 2 ans uniquement).

La recherche de Vibrio spp, Escherichia coli O157H7 et Aeromonas spp est réalisée lorsqu’une demande explicite est formulée.

Intérêt clinique – Interprétation des résultats
L’intérêt d’une coproculture et d’une recherche des parasites dans les selles réside essentiellement dans la recherche de l’étiologie infectieuse d’un syndrome diarrhéique. Plus exceptionnellement, la recherche des bactéries entéro-invasives (Escherichia coli O157) ou entéro-pathogène (EPEC).
Les subdivisions physiopathologiques des diarrhées n’étant pas mutuellement exclusives, la mise en évidence d’un agent infectieux n’écarte pas nécessairement d’autres causes du syndrome diarrhéique. Inversement, l’absence d’un agent infectieux à l’analyse des selles n’élimine pas totalement l’origine infectieuse de la diarrhée.

Edition octobre 2019 © 2019-Institut de Biologie Clinique IBC’LAB Tous droits de reproduction, d’adaptation et de traduction réservés pour tout pays